Microbiote: une nouvelle variable santé

Mis à jour : 22 nov. 2020

Le #microbiote est l'ensemble des micro-organismes, bactéries, microchampignons, protistes et virus vivant dans un environnement spécifique chez un hôte. On peut ainsi distinguer le microbiote cutané, buccal, intestinal ou encore vaginal.


Chez l'homme, le tube digestif abrite à lui seul plus de 1000 milliards micro-organismes, soit 2 à 10 fois plus que le nombre de cellules qui constituent notre corps et jusqu'à 100 fois plus de matériel génétique.




Depuis quelques années, avec l'évolution de techniques de #séquençage et notamment l'arrivée des technologies de nouvelle génération #NGS il est devenu plus facile d'étudier le microbiote. Son rôle est de mieux en mieux connu et on sait désormais qu'il joue un rôle dans les fonctions digestive, métabolique, immunitaire et neurologique. En conséquence, la dysbiose, c'est-à-dire l'altération qualitative et fonctionnelle de la flore intestinale, est aujourd'hui une piste sérieuse pour comprendre l'origine de certaines maladies.


Les chercheurs tentent maintenant de comprendre les liens entre les déséquilibres du microbiote et certaines pathologies, en particulier les maladies auto-immunes, inflammatoires et neurologiques.



Un thème central de recherche pour la communauté scientifique, certains vont même jusqu'à dire que la décennie 2020 sera la décennie du #microbiome !



Un écosystème acquis dès la naissance


Le microbiote d'un individu se constitue dès sa naissance, au contact de la flore vaginale après l'accouchement ou au contact des micro-organismes de l'environnement. La colonisation bactérienne a lieu de façon progressive, dans un ordre bien précis : les premières bactéries intestinales ont besoin d’oxygène pour se multiplier (bactéries aérobies : entérocoques, staphylocoques…). En consommant l'oxygène présent dans l’intestin, elles favorisent ensuite l'implantation de bactéries qui ne prolifèrent justement qu’en absence de ce gaz (bactéries anaérobies : bactéroides, clostridium, bifidobacterium…).

Sous l'influence de la diversification alimentaire, de la génétique, du niveau d'hygiène, des traitements médicaux reçus et de l'environnement, la composition du microbiote intestinal va évoluer qualitativement et quantitativement pendant les premières années de vie. Ensuite, la composition qualitative et quantitative du microbiote reste assez stable.



A retenir: Les éléments qui influencent la composition du microbiote sont l'alimentation, la génétique de l'hôte, l'exercice physique, les traitements médicamenteux et l'environnement.



Un élément clé pour le bien-être et la santé...

Le microbiote assure son propre métabolisme en puisant dans nos aliments, notamment parmi les fibres alimentaires. Dans le même temps, ses micro-organismes jouent un rôle direct dans la digestion, le fonctionnement de l'épithélium intestinal et ils contribuent au bon fonctionnement du système immunitaire.


Microbiote et inflammation

L'#inflammation est un élément important, étroitement corrélé à l'immunité : il existe à la fois un niveau physiologique d’inflammation indispensable, contrôlant notamment le microbiote, et des réactions inflammatoires importantes déclenchées en présence d'espèces pathogènes.  Ce dernier mécanisme repose notamment sur la présence de composants bactériens inflammatoires, comme les lipopolysaccharides (LPS) présents à la surface de certaines bactéries. Ces antigènes provoquent une réaction immunitaire de la part des macrophages intestinaux qui produisent alors des médiateurs pro-inflammatoires (cytokines). Ceux-ci déclenchent une inflammation locale et augmentent la perméabilité de la paroi intestinale. Les LPS peuvent alors traverser cette dernière, passer dans la circulation sanguine, et provoquer un phénomène inflammatoire dans d'autres tissus cibles.



Et le cheval dans tout ça ?


Le #cheval est un herbivore non ruminant qui possède un écosystème digestif très complexe. La communauté bactérienne, qui représente la majeure partie des micro-organismes de l'intestin postérieur est représenté par les phyla Bacteroidetes, Proteobacteria, Verrucomicrobia et Firmicutes. Cette communauté complexe de micro-organismes anaérobies est importante pour la digestion des aliments et la synthèse de vitamines, l'homéostasie épithéliale, la régulation nerveuse entérique, la promotion de l'angiogenèse, le développement du système immunitaire, l'exclusion des agents pathogènes et la détoxification des composés toxiques.


Les chevaux de sport sont souvent soumis à des programmes d’exercice très intenses, confinés dans les boxes pendant de nombreuses heures, isolés socialement et nourris avec des régimes pauvres en fibres et riches en amidon. Ces facteurs peuvent tous contribuer à l’induction de stress et, par conséquent, au développement de comportements anormaux et de pathologies gastro-intestinales. Le système gastro-intestinal est sensible au #stress, mais la notion selon laquelle le stress et ses médiateurs peuvent influer sur la composition et le fonctionnement du microbiote est un concept relativement nouveau. Les premiers résultats chez l’homme et les animaux de laboratoire suggèrent que le stress peut moduler l’écosystème intestinal et produire une dysbiose, qui à son tour peut rétro-alimenter le stress et induire des maladies gastro-intestinales comme la #colique.


On sait aujourd'hui que le microbiote et le cerveau sont capables d'une communication bidirectionnelle via des mécanismes de mieux en mieux connus impliquant le #nerf vague, l'axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien et les #cytokines du système immunitaire. C'est ce qu'on appelle l'axe cerveau-intestin-microbiote qui intéresse particulièrement les chercheurs...






Les enjeux pour la santé...


Toutes ces nouvelles connaissances sur la compréhension des mécanismes de communications de l’axe cerveau-intestin-microbiote et l’implication du microbiote sur un certain nombre de pathologies font émerger depuis quelques années de nouvelles stratégies thérapeutiques visant à moduler le microbiote intestinal. Voici les six pistes actuellement explorées:


  • une alimentation favorisant le développement des bactéries bénéfiques pour le système digestif.

  • un traitement antibiotique ciblant les espèces néfastes impliquées dans la physiopathologie de la maladie. Cette option ne peut cependant être envisagée comme un traitement chronique du fait de la pression de sélection qu'elle peut engendrer ; elle pourrait aussi induire de nouvelles pathologies.

  • l'apport par voie orale de probiotiques, des micro-organismes vivants, non pathogènes et démontrés comme bénéfiques pour la flore intestinale.

  • l'apport de prébiotiques, des composants alimentaires non digestibles, utiles à la croissance ou l'activité de certaines populations bactériennes intestinales.

  • les symbiotiques, qui combinent pré et probiotiques.

  • la transplantation fécale, qui consiste à administrer une suspension bactérienne préparée à partir des selles d’un individu sain par sonde nasogastrique ou par lavement. Elle permet d'implanter un microbiote normal chez un patient malade. Cette option thérapeutique est d'ores et déjà efficace et utilisée dans les infections intestinales sévères à Clostridium difficile chez l'homme.



... Et si l'ostéopathie était une autre piste de modulation du microbiote à explorer ?



Compte tenu des mécanismes impliqués dans l'axe cerveau-intestin-microbiote on peut se demander si l'ostéopathie ne pourrait pas être une nouvelle voie de modulation du microbiote à explorer... en effet tout les grands concepts qui fondent l'ostéopathie selon A.T. Still: unité de corps, interrelation entre structure et fonction et mécanismes d'auto-régulation s'appliquent parfaitement dans cette idée. Un vrai sujet de recherche dans lequel Horsteo est impliqué avec le projet Horsteobiome.

Ce projet vous intéresse ? N'hésitez pas à me contacter.



Chez le cheval on connait encore mal l'implication du microbiote sur les pathologies mais il y a fort à parier que les connaissances et les recherches sur l'homme puissent être transposer sur le cheval. On sait par exemple que comme chez l'homme le stress chez le cheval a un impact sur la composition du microbiote intestinal.

Démontrer le retour à l’homéostasie par la modulation de la composition du microbiote avec des techniques ostéopathiques ouvrirait ainsi de nouvelles perspectives pour la filière équine et l'ostéopathie dont voici une liste non exhaustive inspirée des recherches actuelles sur le microbiote chez l’homme :

  • le traitement non invasif de certaines pathologies intestinales (coliques, diarrhées chroniques, inflammation de l'intestin);

  • la gestion du stress et à fortiori le bien-être animal;

  • l’amélioration des réponses à certains traitements vétérinaires;

  • le traitement de certaines #ostéoarthrites;

  • ou même l’amélioration de la #fertilité chez la juments…


Pour aller plus loin:

Elena Sender, Le microbiote allié de notre cerveau, Science et Avenir, Septembre 2016

Costa MC, et al. Understanding the Intestinal Microbiome in Health and Disease. Vet Clin North Am Equine Pract. 2018.

Núria Mach, Aline Foury, Sandra Kittelmann, et al. The Effects of Weaning Methods on Gut Microbiota Composition and Horse Physiology. Front. Physiol., 25 July 2017